如何利用conda管理R包

现在R包的功能越来越强大，已经不单纯是几个R自定义函数就能构成一个包了。目前很多R包集成许多C和python的代码，因此需要自行编译，哪有会出现各种环境问题。今天介绍一下使用bioconda如何配置R包：

利用bioconda安装R与R包

1、配置R源

＃查看当前配置哪些源 $ conda config --show channels ＃添加R源 $ conda config --add channels r

2、安装R

3、安装R包

＃搜索deseq2包$ conda search deseq2 Loading channels: done No match found: DESEQ2.Search: * deseq2* ＃ Name Version Build Channel bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda 1.10.1 R3.2.20 bioconda ＃安装deseq2包 $CONDA installation - y biological conductor - deseq2

注意事项

1、bioconda最好升级到最新版本

Conda update -n base -c Default value

2、R的名字为r-base

3.在bioconda中使用时，R包的名称需要加上前缀“R-”