当前位置：首页 > Linux > 正文

linux中如何执行r脚本

admin
Linux
2025-08-09
4

Linux中执行R脚本，可以通过命令行使用 Rscript命令，假设你的R脚本文件名为 script.R，你可以在终端输入`Rscript script.

Linux系统中执行R脚本有多种方法,以下是一些常见且详细的方式：

直接在终端使用R解释器执行

确保R已安装
- 在Linux系统中,你可以通过在终端输入R --version来检查是否已经安装了R，如果没有安装，以Ubuntu为例，可以使用以下命令进行安装：
```
sudo apt -y install r base
```
- 对于其他Linux发行版,如CentOS，可以使用yum包管理器（如果系统配置了相应的仓库）：
```
sudo yum -y install R
```
准备R脚本
- 假设你有一个名为script.R的R脚本，其中包含一些R代码，
```
# script.R
cat("Hello, Linux!
")
x <rnorm(10)
print(x)
```
执行R脚本
- 在终端中,使用以下命令来执行脚本：
```
Rscript script.R
```
- Rscript是R提供的一个命令行工具，用于执行R脚本，它会运行脚本中的代码，并将输出显示在终端上，在这个例子中，你会看到类似如下的输出：
```
Hello, Linux!
  [,1]
[1,] -0.5604756
[2,] -0.2301775
[3,]  1.5587083
[4,]  0.0705084
[5,]  0.1292877
[6,]  1.7150650
[7,] -1.2650612
[8,] -0.3262334
[9,]  1.5587083
[10,]  0.3598138
```

通过R的交互式环境执行

进入R交互式环境

在终端中输入R，然后按回车键，即可进入R的交互式环境，你会看到类似如下的提示符：

R version 4.x.x (202x xx xx) -"XX XX"
Copyright (C) 202x The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64 pc linux gnu (64 bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an Englishlocale
>

加载和执行脚本
- 在R交互式环境中,使用source函数来加载和执行脚本，要执行script.R脚本，可以输入：
```
source("script.R")
```
- 这会运行脚本中的代码,并将结果输出在R交互式环境中，与使用Rscript命令不同的是，在交互式环境中执行脚本后，脚本中定义的变量和函数仍然可以在当前会话中使用，如果在script.R中定义了一个变量x，在执行source("script.R")后，你可以在R交互式环境中直接访问x。

使用Makefile（适用于多个R脚本的项目管理）

创建Makefile文件
- 假设你有多个R脚本,例如script1.R、script2.R和script3.R，你想要按照一定的顺序执行它们，可以创建一个名为Makefile的文件（文件名必须为Makefile，区分大小写），内容如下：
```
all: result.txt
result.txt: script1.R script2.R script3.R
    Rscript script1.R > temp1.txt
    Rscript script2.R > temp2.txt
    Rscript script3.R > temp3.txt
    cat temp1.txt temp2.txt temp3.txt > result.txt
    rm temp1.txt temp2.txt temp3.txt
clean:
    rm result.txt temp1.txt temp2.txt temp3.txt
```
- 这个Makefile定义了一个目标all，它依赖于result.txt，当执行make命令时，它会按照规则依次执行script1.R、script2.R和script3.R，并将它们的输出合并到result.txt中。clean目标用于清理生成的中间文件和结果文件。
执行Makefile
- 在终端中,切换到包含Makefile和R脚本的目录，然后输入make命令，这会执行Makefile中定义的规则，生成result.txt文件，如果需要清理生成的文件，可以输入make clean。

使用调度工具（如cron）定时执行R脚本

编辑crontab文件
- 使用crontab -e命令打开crontab文件进行编辑，crontab是Linux系统用于定时任务配置的文件。
添加定时任务
- 假设你想每天凌晨2点执行daily_script.R脚本，可以在crontab文件中添加以下一行：
```
0 2    Rscript /path/to/your/daily_script.R
```
- 这行的含义是：在分钟为0、小时为2（即凌晨2点）、每月的每一天、每周的每一天执行Rscript /path/to/your/daily_script.R命令，请将/path/to/your/daily_script.R替换为你的实际脚本路径。
保存并退出
编辑完成后,保存并退出crontab编辑器，cron服务会自动加载新的定时任务配置，并在指定时间执行R脚本。

执行方式	优点	缺点	适用场景
直接使用Rscript命令	简单直接，无需进入R交互环境	每次执行需要重新加载脚本，不能保留脚本中的变量和函数状态	简单的一次性脚本执行
通过R的交互式环境使用source函数	可以保留脚本中的变量和函数状态，方便后续操作	需要手动进入R交互环境，相对繁琐一些	需要在执行脚本后对脚本中的内容进行进一步操作或调试
使用Makefile	适合管理多个R脚本的执行顺序和依赖关系	需要了解Makefile的基本语法和规则	有多个相关联的R脚本需要按照一定顺序执行的项目
使用调度工具（如cron）	可以实现定时自动执行脚本	需要熟悉crontab的配置语法	需要定期执行的任务，如数据备份、定时报告生成等